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La AIL nació como la Asociación Española de Hidrobiología, poco tiempo después cambió el nombre a Asociación Española de Limnología y más tarde amplió su cobertura a toda la península ibérica incorporando a los investigadores portugueses. Sus finalidades son fomentar y dar a conocer los estudios limnológicos en España y Portugal, es además filial de la Sociedad Internacional de Limnología (SIL). Esta asociación reune básicamente a todos aquellos interesados en el avance del conocimiento de los procesos fundamentales y las interrelaciones entre los diferentes componentes de los ecosistemas de las aguas continentales.
 
La AEET co-participa con la AIL en la organización de cursos y eventos que tratan sobre metodologías afines y problemáticas comunes.